L’île Sainte Marguerite est la plus grande des deux îles. Grande sœur de l’île Saint Honorat, elle a été baptisée Marguerite en référence à l’ermite qui fonda l’Abbaye de l’île voisine.
En 1687, Louis XIV (1638-1715) ordonne la construction de cellules sur l’île Sainte Marguerite.
Le fort royal renforcé par Sébastien Le Prestre de Vauban, deviendra alors une prison d’État. La prison royale est devenue célèbre avec la détention de l’homme au masque de fer dont l’identité reste un secret bien gardé.
Détenu de 1687 à 1698, l’homme au masque de fer, reste un grand mystère historique. Après sa mort, sa cellule a été entièrement refaite, les murs sont grattés et blanchis à la chaux tandis que ses affaires sont brûlées pour ne laisser aucune marque de ce qui aurait pu révéler son identité.
De nombreuses hypothèses ont été faites pour savoir qui se cachait sous le masque de fer : Eustache Dauger (un valet), Nicolas Fouquet (surintendant des finances de Louis XIV), ou encore le frère jumeau de Louis XIV… mais le mystère demeure.